下記のように仕訳登録をしてください。2パターンあります。
報酬の発生と入金日が同一の場合
例：10月31日に100,000円の売上が同日に源泉徴収後、銀行振込で支払われた場合。
源泉所得税が10,210円で、89,790円が振り込まれたとする。
下記のように2件登録します。
1件目
10/31 収入タブ
口座：現金（または銀行口座など）
カテゴリー：売上
金額：89,790円
2件目
10/31 収入タブ
口座：事業主貸（または仮払税金など）
カテゴリー：売上
金額：10,210円
メモ：源泉所得税
報酬の発生と入金日が別日の場合
例：10月31日に100,000円の売上が発生、11月30日に源泉徴収後、銀行振込で支払われた場合。
源泉所得税が10,210円で、89,790円が振り込まれたとする。
下記のように3件登録します。
1件目
10/31 収入タブ
口座：売掛金
カテゴリー：売上
金額：100,000円
2件目
11/30 収入タブ
口座：普通預金（または銀行口座名など登録された銀行名）
カテゴリー：売掛金（なければ登録）
金額：89,790円
3件目
10/31 収入タブ
口座：源泉所得税（なければ登録）
カテゴリー：売掛金
金額：10,210円
メモ：源泉所得税
このように登録していただければ、複式簿記データとして正しく記帳されます。
アプリの特性上、売上が2重になったようにグラフで表示されてしまいますが、これはこのアプリが売掛金などの表示機能を搭載していないためです。
申し訳ございませんが、仕訳データとしては問題ございませんので、グラフ表示はそのようになってしまっているとご理解ください。